Martin Luther’in öncülüğünü yaptığı Protestan Mezhebi, Katoliklerle giriştiği savaşı kaybetmiş ve 1555 yılında imzalanan Augsburg Barışı ile savaş sona ermiştir. Anlaşma hükümleri gereğince sayıları 100’ün üzerinde olan Alman prenslikleri Katoliklik ve Lutercilik arasında serbest bir seçim yapabilecekleri hükmüne varılmıştır. Fakat taraflar antlaşmanın hükümlerine uymamışlar ve İspanyadaki Kalvenizm akımının yanı sıra Protestan mezhebi de yayılmaya başlamıştır. İspanyadaki Habsburg Kralları, Doğu ve Orta Avrupa’da ki Katolik mezhebini güçlendirmek istedikleri için çatışmalar kaçınılmaz hale gelmiştir. Karşı tarafta ise Baltık Denizinde hüküm süren Protestan İsveç ve Danimarka Krallıkları ise Kutsal Roma-Cermen İmparatorluğundaki etkilerini artırmak ve Protestanlığı yaymak istiyorlardı. Protestan ve Katolik taraflar arasında imzalana Augsburg Barışı yetersiz kalınca Kutsal Roma-Cermen İmparatorluğundaki Protestan prensler birleştiler. Katolik devletler ise İmparatorun desteğini alarak Bavyera’nın önderliğinde birleştiler. Böylelikle Almanya din eksenli bir bölünme yaşayarak yeni bir savaşın eşiğine gelmişdir. İki tarafta olası bir savaş sırasında destek kuvvet alabilmek için Avrupa’da ki güç dengelerini kullanmışlardır. Avusturya Katolik birliği, özellikle İspanyadaki Katolik destekçisi Habsburg Krallarına güvenmiş ve Protestanlar ise siyasi çıkarlar gereği karşı birliğe düşman olan Hollanda, İngiltere ve Fransa gibi Avrupa da Habsburg egemenliğini istemeyen devletlerden destek beklemişlerdir

Öncelikle 1618 yılında İmparator karşıtları ve Protestanların Bohemya da başlattığı ayaklanma savaşın ilk kıvılcımı olmuştur. Bavyera Kralı Maximillia’nın desteğini alan Ferdinand ve Katolik birliği Bohemya’da ki Protestan isyanını bastırmış ve karşı tarafı yenilgiye uğratmıştır. Kont Tilly komutasındaki Katolik birliği Bohemyalı soyluları yenerek çoğunu kılıçtan geçirmiştir. 1631 de Kont Tilly’nin ordusu Maddenburg’u yakıp yıkınca Danimarka Tilly’e savaş açmıştır. Protestanların bu ağır yenilgisinden sonra Danimarka Kralı Christian, durumdan rahatsız olarak Katoliklere karşı savaşa katılmıştır. Danimarka savaşa katılmadan önce Hollanda, İngiltere ve Fransa gibi büyük devletlerle işbirliği yaparak kendini Protestanlığın savunucusu sıfatıyla onurlandırmıştır. Fakat Danimarka’nın düşündüğü gibi gelişmeyen savaşta devlet, Katoliklere yenilerek Lü-beck barışını imzalamış; Katoliklerin üstünlüğünü kabul ederek savaştan çekilmek zorunda kalmıştır. (1625-1629)

Danimarka’nın yenilgisinin ardından Katolik İmparatorla imzalanan antlaşmayla savaş son bulmamıştır. Danimarka’nın çekilmesinin ardından, İsveç Kralı П. Gustaf Adolf, Protestan mezhebini savunmuş ve İmparatorluğa saldırmıştır. Danimarka Kralı gibi, Hollanda ve Fransızlara güvenen İsveç Kralı ilk önceleri başarılı bir savaş yürütse de, 1632 yılındaki Lützen savaşında Kralın ölümüyle bir otorite boşluğu oluşmuş ve İsveç birlikleri ağır bir yenilgiye uğramışlardır. (1634) Savaş sonunda Protestanlar ve Katolikler arasında imzalanan antlaşmaya göre Alman prensliklerinin dış devletlerle ittifak yapmaları yasaklanmış ve küçük birlikler halinde bulunan Kutsal Roma-Cermen İmparatorluğu orduları birleştirilerek İmparatorluğun eski gücüne yeniden kavuşması amaçlanmıştır.   

Katolik olan Habsburg Krallığının, İsveç ile yapılan antlaşma olan Prag düzenlemesiyle güçlenmesi Kardinal Richelieu kontrolündeki Fransa’yı çok rahatsız etmiştir. Ayrıca Fransa, olası bir Avusturya ve İspanya ittifakının da kendisinin Avrupa’da ki çıkarlarını zedeleyeceğini düşünerek savaşa müdahil olmuştur. Bu nedenle Fransa, 1636 yılında Katolik olmasına ve Katolik bir başpiskopos tarafından yönetilmesine rağmen Protestanların yanında savaşa girmiştir. Diğer Protestan yanlısı devletlerin aldıkları yenilgilerden sonra, Fransa akıllı bir seçimle Hollanda ve İsveç ile ittifak kurmuştur. İspanya (Habsburg Kralları) ise Kutsal Roma-Cermen İmparatorluğunu desteklemek amacıyla günümüz Belçikası’ndan başlayarak geri püskürtülene kadar Paris’e kadar ulaşmıştır. Önceki savaşların aksine Katolik birliklerine karşı büyük başarılar elde eden Fransa ve ittifakları; Hollanda’nın zenginliğinden ve denizdeki başarılarından faydalanarak ispanya donanmasını zor durumda bırakmış ve savaşın galibi Protestanlar olmuşlardır.

Tarihi gelişimi ve savaş süresi göz önüne alındığında Otuz Yıl Savaşları, tarihteki uzun süren din savaşlarının sonuncusudur. Otuz Yıl Savaşları sonunda taraflar arasında imzalanan bir dizi antlaşma Vestfalya Barışı (1648) olarak adlandırılmaktadır. Augsburg antlaşmasının yeni bir düzenlemesi olan bu antlaşmaya göre; Kalvenizm herkes tarafından kabul edilen bir mezhep niteliğini kazanmış ve Kutsal Roma-Cermen İmparatorluğundaki küçük prenslikler neredeyse bağımsız birer devlet niteliği kazanmışlardır. Antlaşmanın hükümleri İmparatorluğa bir dizi önlemler getirmiştir. Antlaşmanın hükümlerine göre; İmparator ne savaş ilan edebilecek, nede vergi ve asker toplayabilecek gibi hükümlerle İmparatorluğun neredeyse tüm yetkileri elinden alınmıştır. Fransız yazar olan Voltaire’in şu sözleri bu durumu çok güzel özetlemektedir. Kutsal Roma-Cermen İmparatorluğu “artık ne Kutsal ne Romalı ne de İmparatorluktu”. Ayrıca İspanya, Hollanda’nın bağımsızlığını resmen tanımış ve İspanya-Hollanda arasındaki Seksen Yıl Savaşları sona ermiştir.

Otuz yıl savaşlarından sonra Avrupa da kıtlık ve salgın hastalıklar baş göstermiştir. Can kaybının bir hayli fazla olduğu Almanya da, özellikle savaşan devletlerin kiraladığı paralı askerlerin yaptıkları yağmayla ekonomik olarak yıpranan Almanya, 17. yüzyıldan 19. yüzyılın ikinci yarısına kadar süren sefalet ve gerileme dönemine girmiştir. Otuz yıl savaşlarının en önemli siyasal sonucu antlaşma hükümlerinde bölünen Kutsal Roma-Cermen İmparatorluğunun gücünü yitirmesiyle, Fransa’nın Kıta Avrupasında ki gücünün ve etkisinin artmasıdır. Tabiî ki bu Fransa, 19. yüzyılda Alman İmparatorluğunun kurulmasıyla dizginlenecektir. Ayrıca Katoliklerin yanında savaşa giren İspanyadaki Habsburg Kralları da gerileme dönemine girmiş; Portekiz ve Hollanda gibi sömürge kolonilerini kaybetmişlerdir. Hiç kuşkusuz Otuz Yıl Savaşları Avrupa’nın gördüğü en büyük din savaşlarıdır. Devletlerarası sistemin kuruluşunun başlangıcı olan Vestfalya Antlaşmasıyla Avrupa devletleri artık siyasi çıkarlarının dini karakterlerinin önüne geçtiğini fark etmişlerdir. Kurulan yeni diplomatik ilişkiler ve stratejik hamleler devletler arasında ki siyasi ilişkilerde özellikle politik güç dengelerine dayalı küresel bir yol izlemelerine zemin hazırlamıştır.