Tarih 1992, Yugoslavya’nın dağılmasının ardından Bosna Savaşı patlak verdi. Bölgede durum kötüleşince Bosna-Hersek, hava sahasını BM Güvenlik Konseyi kararı ile 816 sayılı 1992 yılında uçuş yasağı kararı aldı. Bu uçuş yasağı 12 Ağustos 1993 yılında uygulanmaya başlandı. Yugoslavya üzerinde bir dizi ekonomik ve askeri ambargo kararı Haziran 1993-Ekim 1996 tarihine kadar Sharp Guard Harekatı ile deniz aracılığıyla uygulandı. Bu uçuş yasaklarının delinmesinin doğuracağı sonuçlar ise çok yakında tecrübe edilecektir. Uçuş yasağı olan bölgede dört Bosna Sırp uçağı 28 Şubat 1994 yılında NATO tarafından düşürüldü. Bu, örgütün savaş halindeyken uyguladığı ilk eylemdi.

1994 yılında Bosna Savaşı sırasında BM Koruma Gücü, Gorajde güvenli bölgesindeki hava saldırısı için NATO tarafından gönderilen iki ABD F-16 jeti Gorajde bölgesinde bulunan Bosnalı Sırp askeri karakolunu bombaladı. Bu saldırının hemen ardından misilleme olarak 14 Nisan tarihinde 150 BM personeli rehin alındı. 16 Nisan tarihinde ise Britanya Sea Harrier, Gorajde semalarındayken Sırplar tarafından vurularak düşürüldü. Srebrenitsa katliamı sırasında ise Sırplara karşı NATO tarafından bir müdahale başlatıldı. Daha sonra Sırplara karşı iki hafta süren NATO bombardımanı (Kararlı Güç Harekatı) operasyonu başlatıldı.

Hava saldırıları sürerken 14 Aralık 1995 yılında Dayton Antlaşması’nın imzalanmasının ardından Yugoslav Savaşı sona erdi. NATO, antlaşma çerçevesinde BM IFOR barış güçlerini bölgeye yönlendirdi. Bu barış askerlerine 60.000 NATO askeri ve örgüte dahil olmayan ülkelerden askerler katıldı. Bir süre geçtikten sonra bu kuvvetler yarıya düşürülerek 32.000 askerden oluşan küçük SFOR birliklerine dönüştürüldü. Bölge, Aralık 1996 tarihinden beridir sürdürdüğü bu güvenlik görevini Aralık 2004 tarihinde Europan Union Force Althea oluşumuna devretti. NATO’nun sürdürmeye çalıştığı bu barış görevinin ardından örgüt düzenlenen operasyonlar için NATO Madalyası adlı bir hizmet madalyası dağıtmaya başladı.