Bir yandan Beyazıt bir yandan Timur, Anadolu üzerindeki beylikleri kendi hakimiyetlerine katmak için çalışıyorlardı. Timur’un taarruzlarıyla yıkılan Celayir’in Sultanı Ahmet Han ve Karakoyunlu Devletinin Hükümdarı Kara Yusuf, Timur’un eline geçmemek için Osmanlıya sığındılar. Timur, kendisinden kaçan Ahmet Han ve Kara Yusuf’un iade edilmesi için Beyazıt’a mektup göndererek esir edilmek üzere kendisine teslim edilmesini istedi. Ancak Beyazıt, kendisine sığınan beyleri vermek istemeyince Timur ile Beyazıt arasında kendisine verilmesini istiyor ve tehdit ediyor, Beyazıt ise esirlerini vermeyi reddedip Timur’un meydan okumasına ağır sözler ve tehditlerle karşılık veriyordu. Karşılıklı tehdit ve hakaretlerle gerçekleşen mektuplaşmalar sonucunda Timur, Beyazıt’ın ele geçirdiği Sivas, Halep ve Şam’ı istila etti ve esir iadesi meselesi savaşa dönüşmeye başladı. Timur, Sivas, Halep ve Şam’dan sonra Bağdat’a yönelince, Beyazıt da karşı taarruzla Timur’un hakimiyeti altındaki Erzincan ve Kemah’ı istila etti. Bu karşılıklı taarruzlar büyük bir savaşı artık kaçınılmaz hale getirmişti. Yaşanan anlaşmazlıklar sonucunda Timur, Beyazıt’a elçi göndererek Kemah’ın geri verilmesini, Ahmet Han ve Kara Yusuf’un iadesini ve Osmanlıların kendisine bağlanmasını talep etti. Bu talep, açıkça bir meydan okuma ve savaş ilanıydı.

Beyazıt’ın, söz konusu ağır talepleri açıkça reddederek kendisini tehdit etmesi üzerine Timur, 140 bin kişilik bir ordu hazırladı. Bu ordudan Timur’a destek veren irili ufaklı 20 Sultanlıktan askerler ve Hindistan’dan getirilen savaş filleri bulunuyordu. Beyazıt, Timur’un taarruza giriştiği haberini alınca, himayesi altındaki Türk Beyliklerinden oluşturduğu orduları hazırladı. Ancak bu ordu, Timur’un ordusunun karşısında sayıca oldukça zayıf kalıyordu. Özgün güçleri yetersiz kalınca Sırplardan asker desteği alarak ordusunun gücünü 85 bine çıkarttı ve Timur’un ordusunu karşılamak üzere Ankara’ya doğru harekete geçti.

Beyazıt, Ankara’ya ulaştığında Timur’un Tokat cenahına yöneldiği haberini aldı. Bunun üzerine zaten sayıca az olan ordusunun mevcut gücünü de bölmek zorunda kaldı ve yaya güçlerini dağlık bölgelerdeki stratejik noktalara yerleştirerek süvarilerden oluşan güçlerle ormanlık araziye konuşlandı. Bu hareket Timur için büyük bir avantaj sağladı. Hızlı hareket kabiliyetine sahip olan güçleri, bu mücadelede Timur’un ordusunu yenilmez kılmaya yetiyordu. Beyazıt’ın hareket düzenini ve savaş tertibatını öğrenen Timur, şaşırtmak amacıyla güçlerini güneye, Kayseri’ye doğru kaydırdı. Beyazıt, Timur’u Kayseri üzerinden Ankara’ya doğru ilerleyip şehri kuşattı. Timur’un Ankara’yı kuşattığını öğrenen Beyazıt, Savunma savaşı yapacakken taarruz etmek zorunda kaldı ve büyük bir hata yaparak Temmuz ayı sıcağında ordusunu Ankara’ya yürüttü. Hem sayıca az olan hem de Temmuz sıcağında susuz ve yorgun düşen Osmanlı ordusu, Ankara’ya ulaştığında, Timur beklemediği bu manevra karşısında kuşatmayı kaldırarak daha kuzeye, Ankara Savaşının yapılacağı Çubuk Ovasına çekildi.

Beyazıt, Timur’un ordusunu çok hızlı bir şekilde takip ederek Kuzeye yöneldiğinde Timur ordusunu emniyetsiz ve askerlerin istirahat ettiği bir anda yakaladı. Ancak Beyazıt’ın ordusu yoğun sıcak altında sürdürdüğü sürek takip sonrasında yorgun düşmüş ve susuz kalmıştı. Durumu mahiyetiyle istişare eden Beyazıt, hemen taarruz edip sonuç alan tekliflerine karşın, bu hareketin mertçe olmayacağını düşünerek askerlerini dinlendirmeye tercih etti. Nihayet Timur, Beyazıt’ın geldiğini haber alınca ordusunu savaşa hazır hale getirerek kendi savaş düzenini aldı. Osmanlı ordusu da istirahat edip su ihtiyacını giderdikten sonra savaş düzeni alarak hazırlıkların karşılıklı olarak tamamlanmasını beklediler. 

Osmanlı ordusunda, Azaplar, Yeniçeriler ve Tımarlı Sipahiler merkez kuvveti teşkil ediyor ve Beyazıt tarafından kumanda ediliyordu. Merkez günü yanında Sadrazam Ali Paşa, Mustafa Çelebi, İsa Çelebi ve Musa Çelebi kumanda ettiği güçler eşlik ediyordu. Sol cenahta Süleyman Çelebi’nin komutasında Rumeli’den tedarik edilen birlikler bulunuyor, sağ cenahta ise Vezir Kara Timurtaş Paşa komutasında Anadolu Beyliklerinden tedarik edilen birlikler hazır tutuluyordu. Mehmet Çelebi, Karakoyunlu Beyliğinden tedarik edilen yardımcı kuvvetlerle ordunun en gerisine konuşlanmıştı. Sol cenahın ihtiyatında, Beyazıt’ın kayınbiraderi Stefan Lazareviç’in komutasındaki 10 bin kişilik Sırp gücü bulunuyordu. Ordunun sağ cenahının ihtiyatını ise Kara Tatar Süvarilerinden oluşuyordu.

Timur ordusu ise, ordu merkezinde Timur’un komutasındaki güçler, sağ cenahta Miran Şah, sol cenahta Şahruh Mirza ve Halil Sultan’ın güçleri bulunuyordu. Ayrıca Hindistan’dan getirilen 32 zırhlı savaş fili ordunun en önünde sıralanmıştı. Muhammed Mirza, ana ordunun gerisinde ihtiyat olarak konuşlanmış, beraberinde Harezm ve Maveraünnehir’den tedarik edilen zırhlı süvari alayları ile Pir Muhammed ve İskender Mirza yer alıyordu. Ordunun sol cenahı Emir Celal İslam, sağ cenahı da Şeyh Ömer Mirza tarafından kumanda ediliyordu. Aydınoğulları, Germiyanoğulları, Saruhanoğulları, Menteşeoğulları ve diğer küçük Anadolu Beylikleri’de sağ cenahın önünde konuşlanmışlardı. 

İki tarafta tüm hazırlıklarını tamamlayıp 28 Temmuz sabahı, sabah namazından sonra savaş düzeni aldılar. Beyazıt, Niğbolu savaşında kullandığı Kurt Kapanı (Hilal) taktiğini uygulamak için ordunun en önünde yer aldı. Beyazıt, kendisine bağlı Azaplarla birlikte çalılık ve otluk bir düzlük üzerinden hücum ederek ilk taarruzu başlattı. Ancak bodur ağaçlar ve çalılıklar, ileri taarruz için hızı yavaşlatan bir etkendi. Öncü kuvvetlerin taarruza kalktığını gören Timur, ilk karşılığı okçularla verdi. Timur’un ordusundan gelen yoğun oklar, çalılıklar ve otluklar sebebiyle yavaşlayan Azaplar üzerinde etkili olunca Azaplar, ağır kayıplar vererek geri çekilmek zorunda kaldı. İlk hamlesi başarılı olmayan Beyazıt, Yeniçeriler ve Sipahilerden oluşan güçlerine taarruz emri verdi. Timur, ilerleyen yaya kuvvetlerine karşı savaşçı fillerini ve ormanlık alan içerisinde gizlenen süvarileri görevlendirince avantaj yine Timur’un güçlerinin eline geçti. Mirah Şah’ın birlikleri de Süleyman Çelebi komutasındaki birliklerin üzerine taarruz edince zor durumda kalan Süleyman Çelebi birliklerine Merkez güçte yer alan Yeniçeriler yardıma gitti. Sayıca az olan Osmanlı Ordusu, Yeniçerilerin ordu merkezinden ayrılmasıyla ikiye bölündü ve Timur’un savaşçı filleri daha da ileri sürmesiyle sağdan, soldan ve ön cepheden hücum eden güçlere karşı yeterli direnişi gösteremedi. Üstelik Osmanlı Ordusu, savaşçı fillerle ilk kez karşılaşıyorlardı. Fillere karşı nasıl bir taktik izleyeceğini bilmeyen Osmanlı Ordusu, karşı koyulmaz fillerin taarruzları karşısında disiplin ve düzenini kaybetmeye başlamıştı.

Bunun üzerine Beyazıt, büyük bir hata yapıp kurt kapanı taktiğini tekrar uygulayarak Sipahilerle Filleri karşı karşıya getirdi. Savaşın en kanlı ve şiddetli anı o andı. Yeniçerilerin ok atışları ve Sipahilerin başarılı taarruzlarıyla filler etkisiz hale getirilmişti; ancak hem Sipahiler hem Yeniçeriler çok ağır kayıplar verdiler. Fillerin devredışı kaldığını gören Timur, Şeyh Ömer Mirza komutasındaki birliklerini Yeniçerilerin üzerine gönderdi. Beyazıt, bu hamleye karşılık olarak Anadolu beyliklerinden toplanan Askerleri ve Kara Tatarları takviye etti. Ancak Karar Tatarlar, Timur ile savaş öncesinde anlaşmışlardı. Yeniçerilerin yanında gitmek yerine Rumeli ve Sırp askerilerinin arka cenahından ok atışlarıyla arkadan saldırdılar. Miran Şah ile Süleyman Şah Çelebi birliklerinin arasında geçen çarpışmalarda takviye olarak gelen güçlerden Anadolu Beylikleri taarruz etmekteyken, Timur’un ordusuna bağlı Anadolu Beylikleri kendi bayraklarını açınca Beyazıt’a bağlı Anadolu Beylikleri de Timur’un ordusundaki Anadolu Beyliklerinin safına geçerek Osmanlı ordusundaki dengeleri alt üst ettiler. Yeniçeriler ve Rumenli birlikleri, önce Kara Tatarlar, sonrasında Anadolu Beyliklerini Timur’un safına geçmesiyle savaş alanındaki insiyatiflerini kaybederek ağır kayıplar vermeye başladılar. Rumeli ve Sırp birlikleriyle Yeniçeriler dışındaki güçlerin kendilerine sırt çevirip Timur’un tarafına geçmesiyle Beyazıt tam anlamıyla hayal kırıklığına uğradı. Osmanlı ordusunda, yalnızca Yeniçeriler ve Rumeli-Sırp birlikleri Beyazıt’a sırt çevirmemiş ve savaşın sonuna kadar mücadele etmişlerdi.

Adım adım mücadeleyi kaybeden Osmanlı ordusu, mağlup olunan cephelerden çekilmeye başladı. Timur, son emrini vererek Beyazıt’ın sağ ele geçirilmesini emredince sonuç almak için son taarruz başladı. Vezirle İsa Çelebi, Süleyman Çelebi, Mustafa Çelebi ve Mehmet Çelebi kuşatmayı yararak kaçmayı başardılar. Şehzadelerin kaçtığını fark eden Sırp birliklerinin komutanı ve Beyazıt’ın kayınbiraderi olan Stefan Lazareviç, Beyazıt’a çekilmesi için tavsiyede bulunsa da Beyazıt mücadele etmeye devam etti. Çataktepe’de emrinde 300 kişilik askeriyle atının sırtında çarpışarak Timur tarafından yakalandı ve esir edildi ve Ankara Savaşı, Osmanlı Devleti için büyük bir hezimet olarak tarihe geçti.

1. Anadolu’da siyasi birlik bozuldu. Bu durum savaşın en önemli sonucudur. Çünkü Timur tarafından Yıldırım tarafından toprakları alınan beylikler yeniden kurulmuştur (Karesi ve Kadı Burhaneddin Beylikleri hariç). Ankara Savaşı ile dağılan Türk birliği I. Selim ile tekrar kurulmuştur.
2. Anadolu’yu ele geçiren Timur, İzmir’e kadar ilerlemiş ve burayı Haçlılar’dan almıştır.
3. Osmanlı Devleti 11 yıl sürecek Fetret devrine (1402-1413) girdi.
4. Merkezi otorite bozularak Yıldırım’ın oğulları arasındaki taht kavgası döneminde (fetret devrinde- Fasıla-i Saltanat) devlet dağılma tehlikesi geçirdi.
5. Osmanlı Devleti’nin imparatorluk aşamasına geçişini geciktirdi.
6. İlk ve son kez bir Osmanlı padişahı savaşta esir düştü ve 8 ay sonra esaret altında Akşehir’de öldü (1403).
7. Balkanlar’da Osmanlı ilerleyişi bir süre durdu, hatta bazı topraklar kaybedildi.
8. İstanbul’un fethi ve Bizans’ın yıkılması 50 yıl gecikti. Bizans kendini toplama imkanı buldu.
9. Arnavutluk boşaltıldı.
10. Bizans şehzadeleri kışkırtarak Osmanlının iç işlerine karışma imkanı elde etmiştir.
11. Anadolu Timur’un hakimiyetine girdi.
12. Karakoyunlu ve Akkoyunlu devletleri güçlenerek Osmanlılara rakip hale geldiler.
13. Osmanlı hazinesi ve arşivleri yağmalandı. Kuruluş dönemi ile ilgili bilgilerimizin azlığının nedenlerindendir.
14. Timur’un önünden kaçan Türkmenler Anadolu’ya gçö hareketini başlattılar. Bunun sonucunda Anadolu’nun nüfusunda büyük bir artış meydana geldi.
15. Yıldırım’ın oğlu Şehzade Mustafa Timur tarafından rehin alınarak Semerkant’a götürüldü.

NOT:   Kösedağ ve Ankara Savaşları sonrasında beyliklerin yeniden kurulması bu iki savaşın ortak özellikleridir. Malazgirt Savaşında Bizans’ta ücretli askerlik yapan Uz ve Peçenekler Alparslan’ın yanına; Ankara Savaşında ise Osmanlı ordusunda yer alan Kara Tatarların ve Anadolu askerlerinin Timur tarafına geçmeleri savaşın sonucunda etkili olmuştur.