Hz. İbrahim (A.S)  ilk eşi olan Sare’nin zulmünden kurtarmak için eşi Hacer’i ve emzikteki oğlu Hz. İsmail’i Cenab-ı Hakkın emri üzerine şu an ki zemzem kuyusunun bulunduğu “Beytü-l Haram’a” bırakmıştır. O tarihlerde Mekke’de hiç kimse yaşamamakta ve ne yiyecek yemek ne de içecek su dahi bulunamamaktadır. Hz. İbrahim eşine biraz su ve hurma bırakarak oradan uzaklaşmıştır. Bir müddet sonra su ve hurma bitince oğlunun ağlamalarına dayanamayan Hâcer “Safa tepesine” çıkıp yardım isteyecek birilerini bulmaya çalışmıştır. Kimseyi göremeyen Hâcer korkuyla Safa ve Merve tepelerinin arasında yedi defa gidip gelmiştir. Tam yedincide Hz. Cebrail’i görmüştür. Bir kuyunun yanında duran Cebrail yeri kazarak su çıkarmıştır. Hacer sevinçle koşarak “durdur” anlamına gelen “zemzem” demiş ve suyun etrafını çevirmiştir. Sonrasında oğluna suyu içirip bebeğini emzirmiştir. Testisini dolduran Hacer’e Hz. Cebrail seslenmiştir; “ Sakın, helak oluruz, zarara uğrarız diye korkmayın. İşte şurası Beytullah’ın (Kâbe) yeridir. O beyti şu çocukla babası yapacaktır. Muhakkak ki, Cenab-ı Hak o işin ehlini zayi etmez” demiştir. “Allah, İsmail’in annesi Hacer’e rahmet etsin. O, zemzemi kendi haline bıraksaydı veya avuçlamasaydı; muhakkak zemzem akar, ırmak olurdu” demiştir. İsra ve Miraç gecesinde Allah katından en değerli varlık olan Hz. Peygamber’in kalbi bu temiz su ile yıkanmıştır. İşte zemzemin hikâyesi böyle anlatılır ve bu gizemli su günümüzde bile sırrını hala korumaktadır.

 Hz. İsmail’in Mekke de anlattığı Allah’ın emir ve buyruklarına uymayan ve anayurtları Yemen olan “Cürhümlüler” Mekke’yi terk ederken zemzem kuyusunu kapatmışlardır. Bu kabile Ad ve Semud kabileleri gibi yüzyıllar önce çıkan bir afetle tarih sahnesinden silinmişlerdir. Cürhümlülerin yenilgiye uğratılmasından sonra Mekke ve Kâbe’nin yönetimi Huzaalılara geçmiş ve bu kabile Hz. İsmail’in onlara ilettiği Cenab-ı Hakk’ın emri olan tevhid inancını bırakarak putperestliğe başlamışlardır. Daha sonra putperestlikle birlikte, Mekke’de Allah’ın emir ve yasakları yaşanmaz olmuş ve zemzem kuyusu bu devirde kurumuştur. Kuruyan zemzem kuyusu birçok kaynakta belirtildiği üzere Hz. Peygamber’in dedesi Abdülmuttalib’in gördüğü bir rüya ile yeniden açılmış, Mekke ve Kâbe’nin hizmetine sunulmuştur. Zemzem kuyusunun, etrafındaki kuyuların sularına mineral olarak benzememesi, zemzem kuyusunun birçok kaynaktan beslendiğini düşündürmüştür.   

1. Zemzem’deki tat başka hiçbir suda yoktur 
2. Az miktarda tuzludur.
3. Bulanık değildir tamamen saf haldedir
4. Mikropsuzdur.
5. Sağlığa zararlı olan hiçbir şeyi içerisinde mevcut etmez.
6. Vücut besinlerini karşılayabilme özelliği vardır.
7. İnsanı tok tutmaktadır.
8. Zemzem suyu idrar yollarıyla değil sadece terle dışarı atılır.
9. Kokusuzudur.