1907 yılında Çar’ın oğlu Alexei hemofili hastalığına yakalanmıştı. Doktorlar, iç kanamalarını durduramayınca artık tıbbın çare olmadığını ve Alexei'nin yakın zamanda öleceğini bildirdiler. Bu durumun üzerine Çariçe, ermişliği ile günden güne meşhur olan Rasputin’i, saraya çağırdı. Rasputin, küçük Alexei’in iç ve dış kanamalarını bir iki dakika içerisinde dua ederek ve elleriyle dokunarak inanılmaz şekilde durdurdu. Bunda, muhtemelen hipnotizma konusundaki bilgisi etkili oldu.
Rasputin o günden itibaren çar ailesi için çok önemli bir şahıs oldu. Rasputin bu tedavilerini ölüm yılı olan 1916′ya kadar sürdürdü.

Çar, orduların başına, cepheye gitmişti. Bu dönemde Rasputin diğer hanedan mensupları ile birlikte sarayda bulunmaktaydı. Çariçe Alexandra Fyodorovna ile ülkenin yönetiminde söz sahibi olmaya başlamıştı. Çar, doğrudan eşinden aldığı mektuplarla ülkeyi ve savaşları yönlendiriyordu. Haneden üyeleri bu durumdan iyice rahatsız olmaya başlamışlardı çünkü Rasputin'in keyfine diyecek yoktu. Cinselliğe düşkünlüğüyle bilinen Rasputin kızlarla bolca vakit geçiriyor sarayda keyif sürüyordu. Bu durum önce sarayda daha sonra da halk arasında yaygın söylentilere ve tepkilere, moral bozukluklarına yol açıyordu. Hanedan mensupları Rasputin’i ortadan kaldırmak için planlar yapılmaya başlamışı. Felix Yussupov adındaki tatar hanedan mensubu bir prens bu işe ön ayak oldu ve diğer komplocu arkadaşları ile beraber bir plan kurdular.

Plan, sarayda verilen bir yemek daveti ile başladı. Yussupov ve Rasputin beraber yemeğe giderken Yussupov, Raputin'i sohbet etmek amacı ile bir odaya aldı. Burada, önceden siyanürle hazırlanmış kurabiyeler bulunmaktaydı. Kurabiye içerisindeki zehir dozu bir insanı öldürecek miktardaydı. Garanti olsun diye şarabın da içine siyanür konulmuştu. Rasputin, iki kurabiye yedi ve şaraptan da bir bardak içti. Zaman geçti fakat Rasputin'de herhangi bir etki görülmüyordu. Yussupov paniğe kapıldı ve arkadaşlarının yanına gitmek üzere odadan çıktı. Planın işe yaramadığını söyledi. Bunun üzerine Yussupov'a bir silah temin edildi. Yussupov, Rasputin’in yanına geri döndü ve silahını bir el ateşledi. Rasputin yere yığılmıştı. Yussupov başarının verdiği onurla arkadaşlarının yanına gitti ve işi başardığını söyledi. Arkadaşı ona bir bardak şarap verdi ve işin sona ermesini kutlayalım dedi. Ancak o esnada Yussupov’un içerisinde bir endişe oluştu, sonra tekrar yerde yatan Rasputin’in yanına gitti. Rasputin, yeşil gözleri ile Yussupova baktı bir şeyler söylemeye çalıştı. O esnada odaya giren Yussupov’un arkadaşı kendi silahı ile Rasputin’e ateş etti. Silahtan çıkan kurşun Rasputin’nin sırtının alt kesimine girerek böbreğine saplandı. Öldüğünü düşündükleri Rasputin’i bir çarşafa sararak dışarda beklemekte olan araca doğru taşımaya başladılar. Arabada bekleyen İngiliz ajanı Rayner kapıyı açmak için dışarı çıktı. O esnada Rasputin’den bir hırıltı geldi, bir hareket oldu. İngiliz Rayner Rasputin'in ölmediğini anladı ve Rasputin’i alnın tam ortasından vurdu. Rasputin’in bedenini araca yerleştirdiler ve buzlarla kaplı Neva nehrine attılar. Rasputin’in cesedi ancak 14 saat sonra bulunabildi.

Rasputin bu şekilde tarihe ölmeyen adam olarak geçti.

"Rasputin’in ölümünden sonra sekreteri Simonoviç, Rasputin’in yazdığı son mektupta şunların söylendiğini belirtmiştir.
"1 Ocak’tan önce öldürüleceğim, eğer soylular tarafından öldürülürsem, soyluların tümü Rusya’dan ayrılacak, Rusya'da kardeş kardeşi öldürecek ve 25 yıl içinde Rusya’da bir tek bile soylu kalmayacak. Ulu Çar! Eğer ölümümde sizin de parmağınız varsa, ailenizden hiç kimse, çocuklarınız dahil iki yıldan fazla yaşamayacak ve Rus halkı tarafından öldürülecektir”

Rasputin'in 1916 yılının Aralık ayında öldürüldüğünü, 1917'de Bolşeviklerin yönetimi ele geçirdiğini, Sovyet Rusya'nın oluştuğunu ve Rusya'ya komünizmin geldiğini, soyluların ortadan kalktığını, kardeşin kardeşi öldürdüğünü göz önünde bulundurursak. Rasputin'in söylediklerinin hemen hemen hepsinin gerçekleşmiştir. Rasputin'in gayet gizemli bir karakter olduğunu açıkça söyleyebiliriz.