Örgüt, Kosova’da bulunan Arnavut sivillerin Slobodan Milosevic tarafından yürütülen Sırp saldırıların korunmaları için BM Güvenlik Konseyi 23 Eylül 1998’de bir barış talep etmesine rağmen, BM Özel Temsilcisi olan Richard Holbrooke, müzakereler sürdürme çabasında olsa da 23 Mart 1999 yılında müzakere süreci çıkmaza girdi. Artık konunun barış ortamı içinde sürdürülemeyeceği düşüncesi Holbrooke tarafından belirtildi ve konu NATO’ya devredildi. Bu karardan sonra 24 Mart 1999 tarihinde 78 gün sürecek olan bir bombardıman başlatıldı. Fakat karadan müttefikler tarafından yapılan askeri saldırı doğrudan Yugoslav güçlerinin üzerine yapıldı. NATO, bu kriz ortamında toparlayıcı bir güç olarak Arnavutlukta konuşlandırdığı Avrupa Müttefik Komutanlığı Mobil Kuvveti’ni ve Albania Force (AFOR) ismiyle bilinen birliği vasıtasıyla Kosova’dan kaçan mültecilere yardım etmeye çalıştı.

Bölgesel nitelikli bir kimliğe bürünse de bombardıman esnasında Belgrad’da bulunan Çin Hal Cumhuriyeti Büyükelçiliği saldırılardan çok zarar görmüş ve sivil kaybı yaşanmıştır. Fakat yapılan tüm müdahaleler ve bombardımanlarda artık gücü tükenen Yugoslav lider Slobodan Milosevic 1999 yılının 3 Haziranında örgütün barış şartlarını kabul edince Kosova Savaşı sona ermiştir. Barış düşüncesinden sonra Milosevic, BM Güvenlik Konseyi’nin 1244 sayılı kararına biat etmiş ve akabinde NATO düşüncesi ile KFOR BM Barış Gücü kurulmuştur. Bu bölgede Kosova’nın korunmasının yanında Barış Gücü bölgenin insani yardıma kavuşması içinde elinden geleni yapacaktı. Ayrıca ilgili ittifak 2001 yılında Makedonya’da bulunan Arnavut milislerin silahsızlandırılması içinde Zorunlu Hasat Harekatı başlattı. 2013 yılının Aralık başlarında bölgede 31 ülkeden 4.882 KFOR askeri görev yapmaktadır.

Fakat operasyonların BM Güvenlik Konseyi tarafından onaylanması fikri, ABD, İngiltere ve birçok NATO üyesi ülkesi tarafından tepkiyle karşılanıyordu. Fakat bu cephenin fikrine karşı Fransa ve yandaşları BM tarafından verilen operasyon onayından memnundular. Çünkü NATO’nun kendi iç dinamiklerinde alacağı bir operasyon serbestisi demek, ABD’nin kendi çıkarları doğrultusunda örgütün operasyonel gücünün kullanmak anlamına geliyordu. Fakat ABD-İngiltere cephesi olaya daha temkinli yaklaşıyordu. Çünkü NATO’nun Yugoslavya müdahalesi BM içinde alınan bir kararla Çin-Rusya tarafından veto edilebilirdi. Aslında bu veto hakkı örgütün hem bağımsızlığına gölge düşürecek hem de olası diğer operasyonlar örgüte karşı olan odaklar tarafından engellenebilecekti. Soğuk savaş sonrasında NATO, 1999 Nisanında kendi iç dinamiklerinde bağımsız bir yapı için Washington Zirvesinde çatışmaların önlenmesi için İttifak Stratejik Konsept’i kabul etti.