Maraton Muharebesi öncesinde Pers Hükümdarı Darius, Yunan kent devletlerini hükümranlığı altına almak için bazı girişimlerinde bulunmuştur. Muharebe öncesindeki dönemlerde, Batı Anadolu’daki İyon şehir devletleri, bu bölgedeki Pers gücünü kırmak için ayaklanma çıkarmışlardı. İyon Ayaklanması adıyla bilinen bu isyan ve İyonlıların Atina ve Eretria şehir devletlerini askerî açılardan desteklemesi sonucunda bu devletler ve Persliler arasında Efes Muharebesi gerçekleşmiştir. Muharebede, Persliler ağır bir yenilgi almışlardır. Bunun sonucunda ise, Pers kralı I. Darius intikam almaya yemin etmiştir. 

I. Darius, İyon İsyanı’nı bastırmasının ardından Atina’ya karşı girişeceği büyük savaşın planlarını yapmaya başlamıştır. İlk olarak, generali Datis ve Artaphernes’in emrindeki ordularını Ege Denizi’ne göndermiştir. Buradaki amaç, Ege’deki Kiklad Adaları’nı hâkimiyet altına almaktır. Pers kuvvetleri, buradaki başarının ardından Atina’ya yürümüştür. Burada 5 gün boyunca Atinalılar ve Persliler arasında gerçekleşen büyük mücadele, Yunanlıların galibiyetiyle sonuçlanmıştır.

Öncelikle, Atina karşısında ağır bir yenilgi alan Persliler, bir kez daha Atina’ya saldırmak için daha büyük hazırlık planları yapmışlardır. Asya yakınlarına zincirleyen Pers donanması, saldırı hazırlıkları yapsa da o dönemde Mısır’da Pers egemenliğine karşı çıkan isyan sonucu taarruz ileriki bir tarihe bırakılmıştır.

II. Daius’un ölümüyle yerine geçen oğlu I. Serha, Atina’ya karşı gerçekleştirilecek II. saldırının planlarını yapmıştır. Fakat Pers ordusunun yapısını çözmüş olan Atinalılar, Persliler karşısında II. galibiyetlerini de almışlardır. 

II. Maraton Muharebesi’nde alınan galibiyetinin ardından, Yunan şehir devletleri uzun süre bir saldırıya maruz kalmamışlar ve Yunan bölgesinde derin bir sükûnet hakim olmuştur. Bilimsel, sanatsal ve kültürel alanda yaşanan gelişmeler sayesinde, Antik Yunan kültürü doğmuş ve gelişmiştir. Eğer Yunanlılar maraton muharebesinde Perslilere karşı yenilmiş olsalardı, Yunan kültürü, sanatı ve bilimi gelişmemiş, günümüze taşınmamış olacaktı. Bu nedenle Yunanlıların Maraton Muharebesindeki galibiyetleri tarihin en önemli olayları arasında gösterilir.

Hâli hazırda gerçekleşen Maraton Koşusu adını Maraton Muharebesi’nden almıştır. Olay, şöyle gerçekleşmiştir: Atina ve Pers arasında gerçekleşen kara savaşında Atina ordusunun zafer kazanması üzerine Pers orduları bu sefer de denizden saldırmaya karar vermişler ve donanmalarını harekete geçirmişlerdir. Gelişmeleri haber alan ve bunu Atina’ya bildirmek isteyen haberci Pheidippides ise Maraton Ovası’ndan Atina’ya kadar 40 km koşmuş ve haberi verdikten sonra ölmüştür. 

1896’da gerçekleşen Atina Olimpiyatlarında, Maraton Ovası ve Atina arasında gerçekleştirilen koşu, Maraton Koşusu adıyla nitelendirilmiş ve bu ifade günümüzde de aynı şekilde kullanılmaya devam etmiştir.