Nagazaki'ye atom bombası atılmadan birkaç hafta öncesine kadar Nagazaki hedef şehirlerden birisi bile değildi.

Nagazaki'nin yerinde Japonya'nın antik başkenti vardı: Kyoto

Atom bombasının atılabileceği yerler listesi; bilim adamları, askeri generaller ve üst düzey ordu mesnuplarının oluşturduğu bir komite tarafından oluşturmuştu.

Kyoto, bünyesinde 2000'den fazla Budist ve Şinto tapınağı, 17 tane de Dünya Mirası alanı barındıran kültürel açıdan müthiş önemli bir yerdi.

Bunların dışında Kyoto'da bulunan üniversitelerin yoğunluğundan dolayı da Kyoto'ya bomba atıldıktan sonra oradaki insanların bu bombanın normal bir bomba olmadığını, yeni tür bir bomba olduğunu anlayabilecekleri öngörülüyordu.

Bunların hepsinin de üzerinde Kyoto daha önce bombalanmamıştı ve birçok endüstri devlerinin fabrikaları da buradaydı. Amerika'nın görüşüne göre Japonya'ya vurulacak en büyük darbe Kyoto'nun bombalanmasından geçiyordu.

Fakat Haziran başarında Politikacı ve Savaş Sekreteri Henry Stimson Kyoto'nun listeden çıkarılmasını emretti. Kyoto'nun kültürel bir miras olduğunu ve kesinlikle askeri bir olmadığını savunuyordu. Fakat askeriye Kyoto'nun listeden çıkarılmasını istemiyordu ve Kyoto'yu listeye geri koyuyordu. Bu tartışmalar Temmuz sonuna kadar uzandı ve o dönem son çare olarak Henry Stimson direk dönemin başkanı Truman'a gitti. 

Henry Stimson, başkan Truman'a giderek Asya'da bir kültürel katliam yaratmanın soğuk savaşın başlayacağı dönemlerde Amerika'nın karşısına direk Rusya'yı alması demek olacağını belirtti. Ve bu kritik dönemde Amerika'nın isteyeceği en son şey Komünist hareketini birleşmiş bir şekilde karşısına almaktı.

İşte o anda başkan Truman ikan oldu ve listeye Kyoto yerine Nagazaki eklendi.

Aslına bakılırsa ne Hiroşima ne de Nagazaki askeri hedefler değildi. Fakat Amerika'nın amacı da belli ki askeri hedefleri vurmak değildi.

Henry Stimson'ın 1902'lerde Filipinler'de valilik yaparken defalarca Kyoto'yu seyahat ettiği hatta balayını orada yaptığı bilinmektedir. Kişisel hırsıyla Kyoto'yu listeden çıkarttırmış olan Henry Stimson Kyoto'nun asıl kurtarıcısıdır.

Fakat tarih bu onuru Amerikan arkeolojist ve sanat tarihçisi Langdon Warner'a vermiştir. Gerçeğin aksine Kyoto'yu Warner'in kurtardığı zannedilmektedir. Yaygınca bilinen şudur ki " Wagner, Amerikan yetkililerine kültürel mirası olan şehirleri bombalamamalarını tavsiye etmiştir." Hatta Wagner'in Kyoto'da heykeli bile vardır.

Fakat Kyoto'nun asıl kahramanı tebriklerin arkasında yatan, perdenin arkasında tarihi değiştirmiş olan Henry Stimson'dur.