Kara (Pir) Hasan amcasını öldürdükten sonra devletin başına geçmek istemesine rağmen Kara Mehmed’in oğullarından Mısır Hoca’nın etrafında toplanmaya başlamışlardır. Fakat bu toplanma çok uzun sürmedi. Çünkü kardeşi Kara Yusuf Karakoyunlu emirlerini etrafında toplamaya başlamıştı. Büyük ve kanlı çarpışmalardan sonra Kara Yusuf ve Kara Hasan müzakere ile barışmışlardır. Mehmed Bey döneminde ele geçirilen Tebriz, daha sonra Celayir beyleri tarafından ele geçirilmişti. Celayir hükümdarı Sultan Ahmed’in dirayetsizliğini fırsat bilen Kara Yusuf, iç ilişkilerini düzelttikten sonra Tebriz’i ele geçirmiştir. 1391 yılında Tebriz’i emirlerinden Satılmış’a devreden Kara Yusuf’un Doğu Anadolu’ya dönmesinin ardından Celayir saldırılarına maruz kalmış; fakat muvaffak olamamışladır. (3)
1392 yılında Pir Hasan’ın üzerine sefer düzenleyen Kara Yusuf, bu sıralarda Anadolu’ya girmekte olan Timur’un haberini almıştır. 1393 yılında Bağdat’ı ele geçiren Timur’a Musul ve Erbil hükümdarları hediyelerle bağlılıklarını bildirmişlerdi. Timur, aynı şekilde Karakoyunlu ve Akkoyunlu hükümdarlarının kendisine biat etmesini istemiş ve Doğu Anadolu’ya girdikten sonra Erzincan emiri Mutaharten’in sevgi ve hediye gösterileriyle karşılanmıştır. 1393 tarihinde Mardin ve Diyarbakır’ı yağmalayan Timur, Karakoyunlu topraklarını yerle bir etmeye başlamıştı. Karakoyunlu hükümdarı olan Kara Yusuf, Muş Ovasında Timur’un karşısına çıkmak yerine ordusuyla birlikte sarp dağlara sığındı. Kara Yusuf, Timur’un Anadolu’yu terkinden sonra Erciş’i geri almıştır. 1399 yılında Hindistan seferini tamamlayan Timur, Anadolu’ya sefer düzenleme kararı alınca bütün devletler hazırlıklarını tamamlamaya başlamıştır. Timur’un ayak sesleri gelmeye başladığında Kara Yusuf, Van Gölü çevresinden ayrılarak Musul’a çekilmişti. Timur, Karabağ’a ulaştığında Emir Zade Rüstem’i Celayir Sultan’ı Ahmed’in komutasında bulunan Bağdat üzerine göndermiştir. Emir Zade Bağdat’ı ele geçirdiğinde Sultan Ahmed, Musul’da bulunan Kara Yusuf’a sığınmıştır. Emir Zade Rüstem Bağdat’tan ayrıldıktan sonra Sultan Ahmed ve Kara Yusuf Bağdat’ı geri almışlardır. Bu sıralarda Bingöl’de bulunan Timur, Sivas üzerine sefer hazırlıkları yapmaktadır. Çepeçevre sarılan Kara Yusuf ve Celayir hükümdarı Sultan Ahmed Suriye’de bulunan Memlüklerden umduklarını bulamayınca Osmanlı hükümdarı olan Yıldırım Bayezid’e sığınmak zorunda kalmışlardır. Fakat gidiş yolunda ayrılan Celayir hükümdarı Sultan Ahmed birlikleri Timur tarafından adeta kıyıma uğrayınca kalan birliklerle Osmanlıya sığınmıştır. Bu saldırının ardından ülkesine dönen Karakoyunlu hükümdarı Kara Yusuf’ta Osmanlı birliklerine katılmak zorunda kalmıştır. (2)
Timur, yanında bulunan Akkoyunlu Karayülük Osman Bey ve Erzincan emiri Mutaharten ile birlikte saldırıya geçerek Sivas’ı ele geçirmiştir. Sivas’ın ele geçirilmesinden sonra Timur ve Karayülük Osman Bey Malatya ve Elbistan üzerine saldırırken Mutaharten Erzincan’a geri dönmüştür. 1401 yılında I. Bayezid, yanında Kara Yusuf ve Sultan Ahmed ile birlikte Erzincan’a (Mutaharten) saldırmıştır. Erzincan ele geçirildikten sonra halkın isteğiyle Mutahharten’in hizmetine bırakılmıştır. Böylece Timur, Osmanlı topraklarına saldırmak için büyük bir fırsat kazanmıştır. Karakoyunlu hükümdarı Kara Yusuf’un kendisine teslimini yada öldürülmesini isteyen Timur, bunu bir savaş sebebi olarak öne sürmüştür. 1402 yılında Timur Kayseri üzerine saldırırken, Kara Yusuf karşı saldırı için Bağdat’a giderek müttefik kuvvetler toplamaya çalışmıştır. 28 Temmuz 1402 yılında Yıldırım Bayezid ile yaptığı Ankara Savaşı’nı kazanan Timur, torunları olan Ebu Bekir ve Rüstem’i Kara Yusuf üzerine göndermiştir. 1403 yılında Kara Yusuf’a saldıran Timur ordusu Kara Yusuf’un bütün çabalarına rağmen büyük bir galibiyet almıştır (1403). (3)
Bir yıl kadar Şam’da hapsedilen Kara Yusuf ve yandaşları bırakıldıktan sonra Akkoyunlu Karayülük Osman Bey ile çarpışmış, Van ve Hakkari çevresindeki Türkmen beylerini toplamaya başlamıştır. Karakoyunlular güçlenmeye başladıkça Miran Şah’ın oğlu olan Ebu Bekir, Tebriz’den yola çıkarak Nahcivan’a kadar gelmiştir. Karakoyunlu Kara Yusuf ile çarpışan Ebu Bekir, 15 Ekim 1406 tarihinde aldığı yenilgiyle Tebriz’e kaçmıştır. 1407 yılında Tebriz’i ele geçiren Kara Yusuf, Sultaniye’ye kaçan Çağatay şehzadesi Ebu Bekir’in peşine düşmüştür. 13 Nisan 1408 yılında yapılan çarpışmayı Kara Yusuf tekrardan kazanmıştır. Alınan son galibiyetlerden sonra Karakoyunlu Kara Yusuf Bey, Azerbaycan’ı ele geçirirken Timurların üzerinde büyük bir baskı kurmuştur. (3)
Bunlar yaşanırken Mardin, Akkoyunlu Karayülük Osman tarafından kuşatılmıştır. Mardin hükümdarı olan Melik Salih Artuki, Kara Yusuf’tan yardım istemiştir. Bitlis emiri Şemseddin ve diğer emirlerini toplayan Kara Yusuf, Diyarbakır üzerinden Mardin’e ulaşınca Akkoyunlu hükümdarını büyük bir yenilgiye uğratarak Mardin’e girmiştir. Mardin’e Ali’yi tayin eden Kara Yusuf, kızlarından birisiyle evlendirdiği Melik Salih’i Musul valisi olarak atamıştır. 1409 yılında Kara Yusuf, 300 yıllık bir devlet olan Artukluları tarihe gömmüştür. Anadolu’ya dönen Kara Yusuf, Erzincan’ı Mutaharten’in oğlu Şeyh Hasan’dan alarak kendi adamı Pir Ömer’e vermiştir. 30 Ağustos 1410 tarihinde beraber esir kaldığı Sultan Ahmed’in Tebriz’e girdiğini haber alan Kara Yusuf, Ahmed’i büyük bir yenilgiye uğratmıştır. Fakat Bağdat seferi ile görevlendiği oğlu Şah Mehmed, Bağdat ve Irak’ı ele geçirdiği sırada Kara Yusuf diğer oğlu Pir Budak’ı halefi olarak göstermiştir. (2)
Bu esnada Isfehan’ı kendisine merkez yapan Mirza İskender, Azerbaycan’ı ele geçirmek istiyordu. Bunu haber alan Kara Yusuf, Luristan yolu ile Nihavend’e gelen İskender’e doğru hareket geçmiştir. Fakat Kara Yusuf ordusunda baş gösteren bir salgın hastalık nedeniyle geri çekilirken İskender’de İsfehan’a doğru geri çekilmiştir. Karakoyunlular, Irak bölgesinde ilerlemeye devam ettikçe bu durumdan rahatsız olan Timurlu hükümdarı Şahruh Halil Sultan Azerbaycan’ı ele geçirme planları yapmaya başlamıştır. Fakat on bin kişilik ilk kuvvetlerini yola çıkardığında karşısına Fars hükümdarı Mirza İskender çıkmış ve gerisin geri dönmüştür. Bu saldırının ardından yüz bin kişilik bir ordu ile Herat’a hareket eden Şahruh Halil, İskender’i yendikten sonra Isfehan’ı yağmalamıştır (1414). Bu durumdan çekinen Kara Yusuf, Timurlu komutana haber göndererek Sultaniye’nin kendisine verilmesi şartıyla biat etmeye hazır olduğu bildirmiştir. Fakat Timurlu Şahı bu teklife karşılık Kara Yusuf’un bir oğlunu rehin istemiştir. Bu teklife hiddetlenen Kara Yusuf, Sultaniye’yi ele geçirmiştir (1415). 1416 yılında Akkoyunlu Karayülük Osman Bey Erzincan’a saldırmış ve Kara Yusuf’un gelişini öğrenince geri çekilmiştir. Bu kuşatmanın ardından Mardin’e saldıran Karayülük Osman, Suriye yönüne çekilirken Memlük topraklarında Kara Yusuf tarafından sıkıştırılmıştır. 1418 yılında Mercidabık’ta büyük bir yenilgi alan Akkoyunlu hükümdarı Haleb naibine sığınmak zorunda kalmıştır. (3)
Kara Yusuf, 25 Ağustos 1420 tarihinde üzerine saldıran Çağatay hükümdarı Şahruh ile savaşmak için yola çıktığı esnada vefat etmiştir. Seferde ordusunun başında 13 Kasım 1420 tarihinde ölen Kara Yusuf’un naaşı Erciş’te ecdadının yanına defnedilmiştir. Kara Yusuf kuşkusuz dirayet sahibi ve kabiliyetli bir hükümdardı. Ölünceye kadar ordusunu ve topraklarını savunan Karakoyunlu hükümdarı Kara Yusuf devletin gerçek kurucusu sayılmaktadır. Komutanın ölümü devleti ve orduyu adeta parçalamıştır. (3)