Bugün tüm dünyada evrim teorisi olarak bilinen Darwinizm’in doğuşu, Charles Darwin’in 1859’da yayınladığı The Origin of Species By Memans of Naturel in the Struggle for Life (Türlerin kökeni, Doğal Seleksiyon veya Yaşam Mücadelesinde Kayırılmış Irkların Korunması Yoluyla) isimli kitapla olmuştur. Darwin, Lamarck’ın teorisindeki bazı açık mantık hatalarını elemiş ve canlıların evrimini kalıtsal olarak açıklamak yerine “doğal seleksiyon” tezini ortaya atmıştı.

Evrim teorisi canlıların yaratılmış oldukları gerçeğini reddeder, doğal süreçlerin ve rastlantısal etkilerin ürünü olduklarını savunur. Bu teoriye göre bütün canlılar birbirlerinden türemişlerdir. Önceden var olan bir canlı türü, zamanla bir diğerine dönüşmüş ve bütün türler bu şekilde uzun bir zaman dilimi içerisinde kademe kademe oluşmuştu. Yaklaşık bir buçuk yüzyıldır kabul gören teori, bugün paleontoloji biyokimya, anatomi, biyofizik, genetik gibi pek çok ana bilim dalında yapılan çalışmaların sonuçlarıyla çelişmektedir.

Bir olgu olan Evrim’in, aynı zamanda ilke olarak da bilim dünyası içinde gerçekliği tartışmasızdır. Evrimin tanımlanmış olan mekanizmaları arasında hangilerinin daha ağır bastığı veya daha çok evrime etki ettiği, bunun yanında hangi faktörlerin hangi oranlarda evrim süreçlerinde etkili olduğu, bu çeşitli evrimlerin kuramlarının incelediği ve açıklama getirdiği farklı alanlar vardır. Bu farklılıklar yüzünden değişik evrim teorilerinden bahsedilir

Modern biyolojide, bu evrim teorilerinden birine örnek verecek olursak, Evrim teorisini tamamlayan Ortak Ata Teorisi, bu konuda Dünya üzerinde yaşayan ya da soyu tükenmiş olan birçok canlının, hangi ortak atadan geldiğini inceler ve bunu bir soy ağacı oluşturarak açıklamaya çalışır. Canlıların sınıflandırılmasına dair filo genetik sistem ise bu konuda elde edilen fosil ve genetik bulguları değerlendirerek Ortak Ata Teorisini destekler ve türler arasındaki akrabalık derecelerini genetik ve anatomik benzerlikleri düzeyinde inceler. Moleküler evrim ise, elde edilen genetik bulguları genomlar ve aileler yardımıyla değerlendirerek yine Ortak Ata Teorisini ve dolayısıyla Evrim Teorisini destekler. Modern biyolojide canlılığın gelişiminin ve oluşumunun önemli bir konuma sahip olmasından ve bu konuda incelenen fenomenlerin birbirleriyle ilişkili olmasından dolayı, biyolojinin tüm bu alt disiplinleri de Evrim teorisi için anlamlı olabilecek bilgileri elde ederek evrimin daha iyi anlaşılmasına katkıda bulunurlar. 

Evrim Teorisi, evrimleşmenin bir sonucu olarak türlerin değişimini ve yeni türlerin oluşumunu, evrime etki eden faktörler ve mekanizmalar ile açıklayan teoridir. Bunun yanında evrim teorisi türlerin oluşumuna dair noktaları son bilimsel araştırmaların getirdiği sonuçlar ve yeni bulgular ile açıklamaya çalışır. Charles Darwin’in ilk kez 1859’da yayınlanan “Türlerin Kökeni” isimli kitabında, Darwin’in daha ziyade doğal seleksiyon temelinde açıklayarak tanımladığı biyolojik evrim teorisinin bazı detaylarında, zaman içinde yapılan daha derin bilimsel araştırmaların sayesinde gelişmeler ve ilerlemeler olmuştur. Özellikle evrimin mekanizmaları ve birbirleriyle olan etkileşimleri hakkında da daha başka evrim teorilerinin oluşabilmesini mümkün hale getirmiştir.

1858 yılında ise hem Charles Darwin hem de Alfred Russel Wallace eş zamanlı olarak Londra Linne Derneğinde iki farklı çalışmada, türlerin doğal seçilim yoluyla evrim geçirdiklerine dair teorilerini ortaya koyarak ilk kez yayınladılar. Fakat bu yayın ilk önce fazla dikkat çekmedi. Bir yıl sonra 1859 yılında Darwin, “Türlerin Kökeni” isimli kitabını yayınladı ve evrim süreçlerine dair daha derin açıklamalar getirdiği için artık bilim dünyasında da giderek daha çok kabul görmeye başladı dolayısıyla evrimin gerçekliği de kabul edilmeye başladı.

Darwin’in buna karşın açıklayamadığı şey ise, canlıların bu özelliklerinin nesillerden nesillere nasıl aktarabildikleri ve bu özelliklerin sahip olduğu farklı varyasyonlarının soya çekimde neden birbirlerine karışmadığı idi. Çünkü o zamanlar gen ve DNA henüz bulunmamıştı ve Darwin de dolayısıyla bunların genetik temellerini bilemiyordu. Bu mekanizmayı açıklayan bilgileri ise 1865’de Gregor Mendel sağladı. Mendel’in araştırmaları ise belirli özelliklerin önceden söylenebilir ve kesin tanımlanabilir bir şekilde gelecek nesillere kalıtımla nasıl bırakıldığını açıklıyordu. Fakat Mendel de henüz DNA ve genlerin ne olduğunu bilmiyordu.

Darwin, evrime etki eden faktörlerin kabaca, günümüzde olduğu gibi geçmişte de aynı şekilde, eşit oranlarda ve sabit bir şekilde etkili olduğunu düşünüyordu. Fakat bu konuda yanılıyordu. Bu şekilde daha önce, jeoloji biliminin babası sayılan Charles Lyell’in (1797-1875) yer bilimsel süreçleri açıklamak için kullandığı “Güncelik Prensibi”ni de yanlışlıkla devralmış oldu. Darwin’in doğal seçilim konusunda yazdıkları evrim teorisinin temelinde yatmasına rağmen, Darwin kalıtsal varyasyonlar ile çevrenin etkisi sonucu meydana gelen değişiklikler arasındaki farklılığın ve bu faktörlerden daha ağırlıklı rol oynadığının tam olarak bilincinde değildi. Evrimin mekanizmasının anlaşılması ancak daha sonraki yıllarda, Mendel’in çalışmalarının başka bilim adamlarınca keşfinden sonra mümkün oldu. Buna rağmen hala günümüzde de evrime etki eden faktörlerden hangilerinin hangi durumlarda daha çok rol oynadığı bilim dünyasında tartışılmaktadır. Ve her geçen gün bu ilişkilere dair yeni bilgi ve bulgular da ortaya çıkarılmaktadır. En önemlisi 20. yüzyılın ilk yarısında, popülasyon genetiğinin ortaya çıkardığı sonuçlardır. Darwin’in evrim teorisinin gelişmesinde önemli katkılarda bulunmuş, bunun yanında Modern Evrimsel Sentez Kuramının oluşmasını sağlamıştır. 1950’li yıllardan sonra ise moleküler biyoloji de evrim araştırmalarına dahil olmuş ve 1970’li yıllarda da sosyal-biyoloji çerçevesinde seleksiyon ve seçilim süreçleri hakkında fayda-maliyet analizleri yapma imkanıyla daha tutarlı veriler elde edilebilmiştir.