En sonunda Ustaşa ruhu canlanmış ve Yugoslavya Sosyalist hükümetinin ölümü ile birlikte Hırvatlar eski kimliğine geri dönmüştü. Artık yeni bir Hırvatistan hükümeti kurulmuştu. Yeni kurulan hükümet Ustaşa rejiminin bayrağını ve milli marşını adeta benimsemiş ve Sırp halka ezici yeni yasalar koymaya başlamışlardı. Devletin kurulması aslında Dünya kamuoyunda asırlar sürecek bir tarihi çarpıtmanın da başlangıcı olmuştu. Hatta yeni kurulan Hırvatistan Bağımsız Devleti’nin 1941-1945 dönemi, “Çentik-Komünist saldırganlara karşı Ulusal Bağımsızlık ve Kurtuluş Savaşı” olarak belirtiliyordu. Aslında bu çarpıtma sadece Hırvat Neo-faşist kültürde değil, Katolik aleminde yapılan ayinlerde de, Ustaşalar “halk kahramanı ve vatansever” olarak lanse ediliyordu. Hatta aynı dönemin kardinali olan Franyo Kuhariç, The Times gazetesine verdiği bir röportajda “NDH süresince sadece bir avuç Sırp hayatını kaybetmiştir” diyerek Katolik aleminin Sırp düşmanlığını açıkça gözler önüne sermiştir. 

Daha önceki bir görüşmede Hırvat lider Ante Paveliç, 18 Mayıs 1941 yılında dönemin Papası olan XII. Pius’un Vatikan’da huzuruna çıkmıştı. Bu görüşmenin ardından tarihler 25 Mayıs 1991 tarihini gösterdiğinde ilk görüşmenin üstünden 50 yıl geçmişti ve bu sefer Hırvat lider olan Franjo Tudjman, Papa II. John Paul’ün huzuruna çıktı. Bu ziyaret bir ortaklığın veya danışıklı dövüşün habercisi miydi? Aslında bu görüşme hiç sürpriz değildi. Çünkü Vatikan, Avusturya ve Almanya, Slovenler ve Hırvatlar ayrımına büyük bir destek sağlamış Yugoslavya’ya yapılan darbenin ise baş sorumlusu olmuştu.

Görüşmeler sonuç vermişti ve Papa 4 Ekim 1990 tarihinde Hırvatistan’a, 2 milyar dolar uzun vadeli ve faizsiz kredi verdi. Hatta savaş halindeyken Beyrut’tan Hırvatlara 2 milyon dolar değerinde Kalaşnikof (AK-47) gönderildi. Ayrıca Almanlar da, Hırvat gruplara silah yardımı yaparak Sırplara yapılacak olan müdahaleyi destekliyorlardı. En sonunda silahlanan bütün faşist gruplar Batı’nın desteğini alarak eski Yugoslavya’ya girdiler. Yapılan bu müdahale sonucunda Vukovar, Gospiç, Osjek, Sisak, Zagrep, Batı Slavonya, Papuk, Bilogora, Marino, Selo ve Pakraçka, Daruvar, Karlovac, Virovitica, Ogulin, Zadar ve Bjelovar kentlerinin Ortodoks ahalisi katliama uğramıştı. Bu saldırıların sonucunda 1991-1993 yılları arasında eski Hırvat Cumhuriyeti topraklarından 120.000 Sırp göçmek zorunda kaldı. Saldırganlar Sırpların sadece etnik değil kültürel soykırımı için de Kiril Alfabesi ile yazılmış olan 10.000 kitabı yakmışlardı. Olayın sonunda tarihi bir detay gözlerden kaçmamıştı. Dönemin Dubrovnik piskoposu olan Jelimir Puliç, yapılan müdahaleyi “Hırvatistan mücadelesi Katoliklik mücadelesidir” sözleriyle onaylamış oluyordu.

Papa II. John Paul, 21 Nisan 1991 tarihli bir bildiride; Yugoslavya’da bulunan dinsel, dilsel ve kültürel ayrımın biran önce giderilmesi gerektiğinin ilk sinyallerini veriyordu. Aslında Papa tarafından yapılan bu Hırvat-Sırp müdahalesi çatışmayı daha da alevlendirdi. Bu durumun aksine Papa Macaristan’ı ziyaret ederek, Hırvatların milli amaç ve çıkarlarının korunmasını tam olarak desteklediğini bir kez daha yineledi. Bu amaçlar gerçekleşirken Papa II. John Paul, Avrupa Birliği’nden bu olaya destek istedi. Faka AB, Yugoslavya’da çıkabilecek bir iç savaşın bölgedeki ekonomik ve sosyal dengelerin alt-üst olmasından korktuğu için çekimser kaldı. AB’nin isteği, Yugoslavya’nın tamamen bölünmesi yerine; ülkenin milli sınırlara göre yeniden çizilmesi, Krayina Sırp Özerk Bölgesinin Yugoslavya topraklarına bırakılmasıydı. Fakat Vatikan bu bölgelerde kurulan bir özerk bölgenin Sırpları güçlendireceğine olan inancı nedeniyle Batı Slovanya ve Kraniya bölgelerinde bulunan Sırpları ya göçe ya da etnik bir kıyama maruz bırakacaktı. Vatikan’ın bu son hamlesi, Prag’da düzenlenen daimi konseyde, Kutsal Makam Temsilcileri tarafından da desteklenince Sırplar, Belgrat’ta bulunan Vatikan Elçiliği önünde protesto yaptıklarında tarihler 8 Eylül 1991 tarihini gösteriyordu. Sırplar artık uyanmışlardı, Vatikan’ın amacı hayali sınırlarla Sırp milletini bölecek ve Ortodoks karakterde olan Sırplar katliama uğrayacaklardı. Sırpların protestosundan iki ay sonra Papa II. John Paul, 29 Kasım 1991 yılında Almanya Dışişleri Temsilci olan Hans Dietrich Genscher’e artık Yugoslavya’nın parçalanma zamanının geldiğini bildiriyordu. Kutsal makamın emri ile 13 ve 15 Ocak 1992 tarihlerinde Vatikan, Avusturya ve Almanya, Yugoslavya Anayasası’na aykırı olarak kurulan Slovenya ve Hırvatistan’ın bağımsızlıklarını resmen tanıdı. Hırvatlar, Almanya tarafından tanındıktan sonra Zagreb sokaklarında “Danke Deutscland” (Teşekkürler Almanya) şarkıları söyleyerek sevinç çığlıkları attılar. 

Hırvat-Sırp olaylarında “Tarih tekerrürden ibarettir” sözü tekrar akıllara kazınmıştır. 1942 yılında yaşanılan olayların bir aynısı 1992 yılında kaldığı yerden devam etti. Vatikan, Almanya ve Hırvatlar elli yıl önce olduğu gibi Sırplara karşı etnik temizliğe girişmişlerdi. Bu ittifak Bosna iç savaşında kurulmuştu. Franjo Tudman Hırvatistan’ın güçlü bir şekilde yeniden kurulması için çalışmalara devam ediyordu. Bu dönemde 10.000 Boşnak askeri Hırvatistan’a askeri eğitim almak için gönderiliyordu. Hatta gönderilen Boşnak askerlere bizzat Aliya İzzet Begoviç ve onun partisi olan Demokratik Hareket Partisi (SDA) tarafından bazı yönergeler ve öğütler veriliyordu.

Bu olayın ardından Begoviç, Bosna-Hersek Cumhurbaşkanı seçilmiş ve Hitler’in ordusunda görev yaptığı kanıtlanmış olan Kurt Waldheim’e ziyarette bulunmuştu. Aslında Waldheim bilindiği kadar masum değildi. Waldheim, Batı Bosna’da birçok kişinin ölümünden, 68 bin Sırp erkek, kadın ve çocuğun Ustaşa ve Nazi toplama kamplarına gönderilmesinden sorumluydu. Bu görüşmenin ardından Begoviç, Viyana’dan Vatikan’a Papa ile görüşmeye gitti. Papa, Begoviç’e Bosna –Hersek’in bağımsızlığına sıcak baktığını belirtiyordu. Fakat savaşın fitili ateşleyen olay, Boşnak Ramiz Delaliç’in Sırplara ait bir kilisede yapılan düğünü basarak damadın babasını (Nikola Gardoviç) ve kilise papazını (Radenko Miroviç) yaralanmasıyla ortaya çıktı. Bu olay tarihi kayıtlara “Kanlı Düğün” olarak geçmişti. Bu olay savaşı tetikledi ve Sırplar kendilerini Boşnaklardan koruma için silahlanarak Saraybosna’da barikat kurdular. 29 Şubat-1 Mart 1992 tarihleri arasında düzenlenen referandumda Bosnalı Hırvatlar ve Müslümanlar Yugoslavya’dan ayrılmak istediklerini belirttiler. Fakat bu referandumun hukuki bir geçerliliği yoktu. Çünkü Bosna-Hersek Sosyalist Cumhuriyeti’nden ayrılabilmek için anayasada belirtildiği üzere mevcut referandumda üç halk kitlesinin de bulundurmalıydı. Ancak bu referanduma nüfusun 3/1’lik kısmını oluşturan Bosnalı Sırplar katılmayı reddetmişlerdi.

En nihayetinde Hırvatistan 26 Mart ve 3 Nisan 1992’de Bosna-Hersek’e müdahale etti. Ve en sonunda 6 Nisan 1992 tarihinde Avrupa Birliği, Bosna-Hersek Cumhuriyetini tanıdı. En sonunda Bosna-Hersek de tıpkı Hırvatlar gibi “Danke Deutschland” (Teşekkürler Almanya) şarkıları yayınladı ve sevinç çığlıkları attılar. Bu olaydan sonra Vatikan-Alman-Hırvat ittifakının ardından soykırımın tetiklenmesinden korkan Bosnalı Sırplar, 7 Nisan 1992 yılında Bosna-Hersek Sırp Cumhuriyeti’nin çoğunlukta olduğu yerlerde kendi kaderlerini tayin etmek hususunda bağımsızlıklarını ilan ettiler. Fakat 1992 Nisanından sonra bağımsızlık ilan eden Hırvat ve Boşnaklar silahsızlandırıldıktan sonra Tudjman, Boban ve İzzetbegoviç kontrolünde bulunan Sırbistan’a göçe zorlandılar. Sırp nüfusu ise, Bosna-Hersek’in Sırp nüfusu, savaşta Yugoslavya’nın parçalanması halinde Eski Bosna-Hersek Sosyalist Cumhuriyeti’nde bir Sırp ulusal devleti kurulmasını, bunun için de ülkenin Ortodoks düşmanlarından arındırılmasını savunmaktaydı.

9 Nisan 1992 tarihinde Reuters haber ajansı, kardinal Amgelo Sodano’nun Aliya İzzetbegoviç’e olan iletisinde “bu güç günlerde Papa’nın halka ve kendilerine desteğinin tam olduğunu” bildirmişti. Kutsal Makam ise, 15 Nisan 1992 tarihli mesajda Bosna-Hersek ile ilgili “Biz Yugoslav Federal Ordusu silahlı çetelerinin yaptıkları müdahaleye direniş göstermek istiyoruz” diyerek desteğini belirtmişti. Hatta Papanın Mülteciler Temsilcisi S.Tomaz, Sırpların saf bir ırk yaratan ve etnik temizlik aracılığıyla istenmeyen Hırvatları ve Müslümanları katleden Naziler olduğunu iddia ettiler. Hatta Papa, 5 Aralık 1992 tarihinde Sırpların yapacağı böyle bir soykırıma medeni dünyanın müdahale etmesi gerektiği düşüncesine yönelik fikrini belirtti. En sonunda Vatikan, Sırplara karşı halkı birleştirmek için harekete geçti. Tarihler 8 Mart 1993’ü gösterdiğinde II. John Paul, penceresinden bütün  Katolik alemine seslendi “Bosna da Sırp saldırganlardan intikam alsın diye Tanrıya yalvarıyorum.” 11 Nisan 1993 yılında ise, Papa Paskalya’da aynı şekilde Bosna savaşının durması için mesajını yineliyordu.

Bosna-Hersek savaşına en sonunda ABD dahil oluyordu. 12 Ağustos 1993’de Bill Clinton ve eşi Hillary Denver’e gelen Papa John Paul, coşku gösterileriyle karşılandı. Papa, bu karşılaşmada Bill Clinton’a “Sırpları bombalamalısınız!” dedi ve buna karşılık ABD’nin Somali’de yürüttüğü misyonu destekleme sözü verdi. Bu görüşmenin ardından Papa ve Clinton Katolik olan Beyaz Saray ve CIA görevlileri ile görüştü.

10 ve 11 Eylül 1994 tarihlerinde Papa, yeni kurulan Hırvatistan Bağımsız Devleti’ni ziyaret etmeye gelmişti. Papa’nın Zagreb Katedralinde verdiği vaaz, Hırvatistan televizyonunda canlı olarak yayınlandı. Sırp karşıtlığını iyice ortaya koyan Papa, Ustaşa Ordusu Askeri Alojzije Stepinac’ı kilisenin parlak adamı olarak adlandırdı. Ardından yapılan bütün konuşmalarda Papa, Hırvatların kendi toprakları üzerinde yapılan bütün saldırıları püskürtme ve bu amaç için bütün Avrupa devletlerinin de buna destek vermesi gerektiğini belirtti. Katolik insanlar için Hz. İsa’nın yeryüzündeki temsilcisi olan II. John Paul, Hırvatları Sırplara karşı bir operasyon düzenlemeye teşvik ediyordu. II. John Paul, bu ziyaretinden sonra ABD menşeli olan MPRI, Hırvatları askeri ve askeri teçhizat olarak destekleyerek NATO Barış Programı’na alarak uluslararası kamuoyunda desteklenmesi için antlaşma imzaladı. Ayrıca Hırvatistan öyle destekleniyordu ki uygulanan ambargoya rağmen; Almanya, Avusturya, Çekler, ABD, Fransa, Arjantin, Ukrayna ve İran’dan bol miktarda cephane, ambargo ve silah temin etti. Bu askeri hazırlığın ardından Hırvatistan ordusu ilk olarak Arjantin ve Nepal kuvvetlerinden oluşan BM güçleri koruması altındaki Batı Slovonya’ya saldırdı. Blijesak Operasyonu (Şimşek Operasyonu) olarak bilinen bu askeri müdahale ile 18.000 Sırp yerinden yurdundan sürülmüş, yüzlercesi ise bu harekat sonucu öldürülmüştü. BM ise, bu etnik temizliğe sadece seyirci kalmıştı. Dünya Hırvatların kendi suçlarını örtbas ettikleri saatlerde, Dünyanın faşizme karşı olan zaferinin 50. yılını kutlamakla meşguldü. Hatta bu etnik temizlik ve Avrupa’nın desteği neo-ustaşalara daha da güç vermişti. Blijesak Operasyonu’nun ardından 4 Ağustos 1995 tarihinde saat 03:00 sularında Eski Yugoslavya’da bulunan Unprofor Komutanı olan Berbard Janvier, Hırvatların Sırp Krayina’ya saldıracağını haber almıştı. Fakat Katolik-Fransız olan komutan, BM Barış güçlerinin sadece Hırvatların geçişini izlemesi ve hiçbir şekilde müdahale edilmemesi emrini verdi. Evet, bunlar gerçek sayılardı. Krayina’yı savunmakla görevli 12.000 BM Barış Gücü askeri, 220.000 Sırp ve 30.000 Abdiççinin vatanından sürülmesine, Hırvat ve NATO uçaklarının bu mültecilerin üzerine ateş açmasına, malların yağmalanması, yaşlı insanların yakılması, kadınların ve kızların ırzlarına geçilmesi ve Ortodoks mabetlerin tahrip edilmesi olaylarına seyirci kalmışlardı. Bu saldırıda Sırp mezarları tahrip edilerek Ortodoks inanç yıkılmaya çalışıldı. Hatta bilhassa saldırıda görev alan Hırvat askerler de Ortodoks düşmanlıklarını inkar etmemişlerdi. Son yapılan operasyon ABD’li General Carl E. Vuono, James J. Lindsay ve Ed Soyster tarafından planlanarak komuta edilmişti. Operasyon ile Hırvatlara göre; Eski Hırvatistan Cumhuriyeti toprakları Sırplardan arındırılmıştı. Hatta operasyondan önce etnik temizliği meşrulaştıran Hırvatlar adına Tudjman “Sırplara, yok olmalarına yol açacak kadar şiddetli vurmalıyız” şeklinde bir fikri deklarede bulunmuştur. Aynı şekilde Tudjman, 1998 yılında yaptığı bir açıklamada Sırp sorununu haletlik, şeklinde bir demeç vermiştir.

Hırvatların saldırısının ardından Srebrenitsa ve Jepa’ya yapılan Sırp saldırılarından “Kutsal Makam” faydalanmak niyetindeydi. Artık Dünya gözünde Sırp katliamı meşrulaştırılabilirdi. Bu ortam oluşturulduktan sonra Vatikan tarafından Republika Sırpska’ya karşı bir “Haçlı seferi” hazırlığına girişildi. Papa II. John Paul, Bosnalı sivillerin korunması adına Sırplara karşı silahlı bir mücadeleye girişilmesi yönünde NATO’yu uyardı. NATO, bu uyarı sonunda Bosnalı Sırplara yönelik zayıflatılmış Uranyum içeren bombalar kullandı. Zayıflatılmış sözü sadece sözde kalmıştı ve bölgeye bombalar atıldıktan sonra kanser vakalarında gözle görülür bir artış yaşandı. Srebrenitsa katliamı iddiasından sonra ise ABD ve NATO güçleri ortaklaşa olarak Eski Yugoslavya’ya müdahale ettiler.Bbu müdahalenin ardından neo-ustaşalar (Hırvat-Boşnak) 1995 yılının Eylül-Ekim aylarında 120.000 Sırp sivili katletmiş, bunun ardından Saraybosna Hırvat-Boşnak idaresine dahil edilmiş, Sırpların Saraybosna’dan kaçışının ardından NATO tamamen Bosna-Hersek’i işgal etmiştir. 

Sırp sorununu el ele vererek çözen Avrupa Devletleri, Hırvatlar ve Papa bunu sıkı ilişkilerle sürdürdüler. Tarihler 12 Nisan 1997’yi gösterdiğinde Saraybosna Havaalanında Aliya İzzetbegoviç, II. John Paul’ü karşılıyor. Papa, uçaktan şehir yıkıntılarına bakarak “Bir daha asla savaş olmasın. Bir daha asla kin ve hoşgörüsüzlük olmasın.” diyerek iyi dileklerini iletiyor. Papa’nın Hırvatistan’ı ikinci ziyareti olan Ekim 1998’de ise, Marija Bistrica kilisesinde yapılan ayinde soykırımcı Alojzije Stepinac’e “mübareklik unvanı” veriyor.

Bu hareket Vatikan’ın işbirlikçiliğini tamamen gözler önüne sermiştir. Evet, Papa Hırvatların Sırplara uyguladığı soykırım ve mezalimi legalleştirmişti.

5 ve 9 Haziran 2003 tarihlerinde II. John Paul, Hırvatların bağımsızlığından bu yana ülkeyi üç kere ziyaret etmiştir. Hatta Papa, Hırvatistan’ı Avrupa Birliği’ne giriş yolunda tam olarak cesaretlendirmiş ve desteklerini iletmiştir. Hatta Papa daha havaalanında uçaktan yeni indikten sonra siyasi ve ülkenin üst düzey yetkilerine Hırvatistan’ı Avrupa Birliği’nde görmek istediğini iletmiştir.

Tarihler 22 Haziran 2003 yılını gösteriyordu. Nazilerin Sovyetlere saldırısının 62. yılında Papa II. John Paul Sırplara bir ziyarette bulundu. Papa’nın gelişini haber alan Bosnalı Sırplar protestolar düzenlediler. Ve Papa’nın gelişi aslında Katolik-Ortodoks düşmanlığına dönüştü. Papa gelmeden Katolik faşistler tarafından 1941-1945 yılları arasında işlenen korkunç katliamların anlatıldığı broşürler basılarak halka dağıtıldı. Bu durumda Bosnalı Sırplar, 1942 yılında Petriçevaç Manastırında yapılan toplantının ardından Miroslav Filipoviç ve Victor Gutiç’in liderliğindeki ustaşalar tarafından Banya Luka çevresinde Sırpları katletmeye karar verildi. Toplantıdan sonra Motika, Drakuliçi ve Şargovaç köylerinde 2.297 Sırp (500 çocuk) katledildi. Papa bu gezisinde NATO güçleri tarafından korundu ve Petriçevaç Manastırında 50 bin kişilik bir ayin düzenledi ve ardından Banja Luka Katedralinde dua etti. Hatta Papa burada yaptığı konuşmada II. Dünya Savaşı sırasında Katolik kilisesi tarafından öldürülen 2 bin Ortodoks için de af diledi. Manastırda Papa şu son sözleri iletti “Bunca acının çekilip kanın dökülmesiyle tarihteki yerini alan bu şehirden, yüce Tanrımızdan, Katolik Kilisesinin çocukları tarafından da insanlığa, insan haysiyetine ve özgürlüğüne karşı işlenen günahlara karşı merhametli olmasını ve karşılıklı merhamet arzusunu herkese aşılamasını diliyorum.” Bu sözlerin ardından ikiyüzlü olmakla suçlanan Papa II. John Paul, 1991-1995 yılları arasında Hırvatlar, Boşnaklar ve NATO tarafından yapılan Sırp katliamının da bir itiraf metni olarak tarihe geçti.

26 yılda 129 ülkeyi ziyaret eden Papa II. John Paul, “Tanrı’nın atleti” olarak anılan ruhani lider 2 Nisan 2005 tarihinde 84 yaşında hayatını kaybetti. Papa’nın cenaze törenine; George W. Bush, eşi Laura Bush, George H. W. Bush, Bill Clinton ve Condoleezza Rice gitti. ABD eski Başbakanı Bill Clinton, Papa’nın cenaze töreninde, II. John Paul’ün NATO’nın Bosna ve Kosova’da gerçekleştirdiği operasyonları desteklediğini belirtti ve ekledi: “Papa’nın savunma savaşlarını ya da masum insanları korumak için açılan savaşları desteklediği düşünüyorum.”