İsrail ile Arap komşuları Mısır, Ürdün ve Suriye arasında geçen 6 gün savaşlarının üzerinden 5 yıl geçmişti. 1967'de yaşanan bu savaşın ardından İsrail Mısır'dan Sina Yarımadası'nı, Suriye'den Golan Tepeleri'ni ve Filistin'in Gazze ve Batı Şeria topraklarını alarak sınırlarını 4 kat büyütmüştü. Bu olayın ardından hem Araplar hem de İsrail silahlanmaya devam etmişti. Bölge hareketliydi. Yavaş yavaş direniş örgütleri kuruluyordu. 1971 yılında da El Fetih direniş örgütü içerisinde Kara Eylül adında bir silahlı örgüt kurulmuştu. Katliamı da bu örgüt gerçekleştirecekti.

4 Eylül'ü 5 Eylül'e bağlayan gece saat 04:30 civarıydı. Kara Eylül örgütünün 8 üyesi Münih'teki olimpiyatlara katılan sporcuların kaldığı 2 apartmana saldırı düzenlediler. Saldırganların amacı ve tek hedefi İsrailli sporcuları rehin almaktı. İlk çatışmalarda sporcu Yossef Romano ve İsrail güreş takımı antrenörü Moshe Weinberg iki saldırganı yaraladılar fakat bu direnişleri hayatlarına mal oldu. Saldırganlar ikisini de öldürdüler. Arabade de sporcu Gad Tsobari ve halter takımı antrenörüTuvia Sokolovsky kaçmayı başaran şanslı kişilerdi. Fakat diğerleri aynı kaderi paylaşmayacaktı. Saldırganlar 7 sporcuyu ve 2 antrenörü rehin aldılar.

Saldırganlar rehineleri bırakmak için israil hapishanelerinde tutulan 200 tutuklunun ve Alman Kızıl Ordu Fraksiyonu adlı suç örgütüne ait 2 tutuklunun salınmasını istediler. İsrail ise "bu kadar çabuk pazarlık yapamayız" diyerek Alman hükümetine bildirisini yaptı.  İsrail olayı kontrol altına almak için kendi anti-terör timini olay yerine göndermek istedi fakat Almanya bunu da kabul etmedi. Saldırganlar bir süre daha bekledikten sonra taleplerinden vazgeçtiklerini rehineleri de alıp gideceklerini bildirdiler ve helikopter talep ettiler. Alman hükümeti uluslararası bir kriz olan bu olaya müdahale edemiyordu. Yasalara göre Alman ordusu böyle bir olayda rol alamazdı.  Polis kuvvetlerinin ise özel uzman ekibi yoktu.
Saldırganların helikopterleri geldi ve rehinelerle birlikte havalimanına gittiler. Saldırganlar havalimanına varmışlardı ki oradaki ekip kendi insiyatifine dayanarak bir operasyon başlattılar. Saldırganlar tongaya düşürülmüştü. Sözde kendilerine tahsis edilecek olan uçağın içi bomboştu. Saldırganlar şaşkınlık içerisindeyken saldırganların üzerine projeksiyon ışıkları tutuldu ve keskin nişancı olarak hizmet veren gönüllü polisler saldırganlara ateş açtı. İlk kurşun yağmurunda 2 saldırgan öldü 1'i ağır yaralandı. Diğer saldırgan ise tuzağa düşürüldüğünü anladı ve helikopterin içini taradı. Sonra da helikopterin içerisine el bombası attı. Diğer saldırganlar ise pusuya yatmışlardı ve çıkarak polise ateş açtılar. 6 saldırgan kalmıştı 1'i ağır yaralıydı. Polisler 2 saldırganı daha öldürdüler. 1'i kaçmaya çalıştı fakat yarım saat sonra polisler tarafından yakalandı. Olayın sonucunda 8 sporcu ve 3 antrenör öldü. 5 saldırgan ve 1 de Alman polisi yaşamını yitirdi. 3 saldırgan sağ ele geçirildi 1'isi yaralıydı. Olimpiyatlar durduruldu pek çok ülke olimpiyatlardan çekildi.

Ölen 5 Arap'ın cenazesi Libya'da devlet töreniyle defnedildi. Bu olay oldukça tepki çekti. 3 saldırgan Alman mahkemelerince tutuklandı fakat bu da uzun sürmedi. Olaydan 1 ay sonra Alman hava yolları şirketi Lufthansa'ya ait bir uçak kaçırıldı ve 3 saldırganın serbest bırakılması istendi. Alman hükümeti uçak korsanlarının bu taleplerini yerine getirdi.