Bilindigi gibi osmanlida camilerin yanina medreseler yapilirdi ilim ve din yan yana olmaliydi.Fatih istanbul u fethettiginde ayasofyayi camiye cevirmisti ama bir eksik vardi.Caminin yanina bir medrese lazimdi ve Ayasofya medresesini inşa ettirdi.Ve bu medresede devrin en buyuk alimleri Ali kuşcu, Akşemseddin ve daha nicesi ders anlatti.

Peki sonra bu medreseye ne oldu şuan neden hic birimiz gidip goremiyoruz?yil 1930 ayasofya tamirata girdi ve yil 1934 oldugunda ayasofya camisi bu tamirattan muze olarak cikabildi o şansli sayilirdi çunku Ayasofya medresesi malesef bu tamirattan sağ kurtulamadi.Ali Kuscu Ak Şemseddin gibi adamlarin ilim dagittigi bu medrese bi katakulliye getirilip yok edildi.