12 Ekim 1579'da Sokullu Mehmet Paşa hançerlenerek öldürüldüğünde Osmanlı'da duraklama dönemi başlamıştır. Bu duraklama dönemi de Osmanlı'da altın çağını yaşayan Yahudilerin ekonomik anlamda geri gitmesini sağlamıştır.
Tabi ki şu sözü de unutmamak lazım" Ortaklık ya para kazanırken ya da kaybederken bozulur" durum da aynen böyle olmuştur. Gerilen ekonominin ardından Yahudilere karşı bir ayrımcılık ve azalan bir hoşgörü ortamı oluşmaya başlamıştır. Öte yandan ticaretin azalması, ticaretin çoğunu elinde tutan yahudileri kültürel olarak da Avrupa'dan uzak tutmuş artık Yahudiler kültürleri ve ilimleriyle birlikte Osmanlı'ya gelmemeye başlamıştır.
Öte yandan Avrupa'nın desteğini arkasına alan Rumlar bu fırsattan istifade ederek Yahudileri yerlerinden edip yüksek mevkilere yerleşmeye başladılar. Yahudilerin yerlerini artık Avrupa'nın desteğini arkasına alan Hristiyanlar alıyordu.
Yahudiler bu durumda da ayaklanmadılar. Balkanlarda çıkan ayaklanma zamanında da milliyetçilik akımı zamanında da ayaklanma gerçekleştirmediler ki 19. yy'a kadar devletin tebası olarak görülüyorlardı.
17.yy Sabetay Sevi, yahudileri 2'ye böldü. Kendisini mesih ilan eden Sabetay Sevi musevi bir din adamıydı ve hemen hemen her kıtadan müriti vardı. Yahudiler yüzyıllardır bekledikleri mesihin geldiğini zannettiler. Sabetay Sevi, İzmir doğumlu birisiydi ve mahkemece müslüman edildi. Bunun ardından ise Sabetaycılık başladı. Kimlikleri müslüman içleri yahudi olan kişiler. Sabetay Sevi müslüman olduktan sonra müritlerinin bazıları takibi bıraktı bazıları ise onunla birlikte Müslüman oldu.
Sabetay Sevi ile aradığını bulamayan Yahudiler, hayal kırıklığına uğramış öte yandan kültürlerini de kaybetmişlerdi. Ana dillerinde ibadet yapamıyorlardı İbranice artık hayatlarından çıkmıştı. Bunun üzerine Seferad yahudileri için özel bir kitap basıldı ve Yahudilerin anlayacağı dilde dinleri anlatılmaya başlandı.
Öte yandan Vaka-yı hayriye döneminden önce iyice yozlaşan yeniçeriler artık kontrol edilemiyor ve Yahudi evlerini basıp yağmalıyorlardı. Yahudilerin huzuru ortadan kalkmıştı.
II. Mahmud'un Yeniçerileri ortadan kaldırmasıyla derin bir nefes aldılar.
Sultan Abdülmecid döneminde ilk gazetelerini çıkarmaya başladılar.
19. yy'da Yahudiler iyice kültürel olarak yozlaşmışlardı. Yanlış hahamlar Yahudilerin yabancı din öğrenmesinin dinden çıkmak anlamına geleceğini bile söylüyorlardı. Bağnazlık iyice artar duruma gelmişti.
II. Abdülhamid döneminde ise Siyonizm akımı baş gösterdi. Her zaman Kudüs'ün daha önceden Yahudi bir Kral tarafından yönetildiğini ve buranın kendilerine ait kutsal topraklar olduğunu düşünen Yahudiler, ayaklanma başlattılar. II. Abdülhamid onlara belirli imtiyazlar verse de onlar daha fazlasını istedi "Osmanlı himayesindeki Filistin'i"
Siyonistler, Filistin'e karşı Osmanlı'nın tüm dış borçlarını silmeyi teklif ettiler. Fakat II. Abdülhmaid "Osmanlı Filistin'den çekilirse orada kıyamete kadar kan durmaz" dedi ve vermedi. En sonunda da Siyonistler sahte bir ayaklanma ve saray baskınıyla II. Abdülhamid'i tahttan indirdiler ve daha sonraları İsrail'i kurdular.
II. Abdülhamid daha sonraları şunu ifade etmiştir "Yanarım yanarım da benim ülkemde beni tahttan indirmeye gelenlerin birinin bile ülkemin vatandaşı olmamasına yanarım" demiştir.
(bkz:II. Abdülhamid'i Tahttan İndirmeye Gelen Kişiler)