El Nino güney salınımları bir atmosfer kaynaklı bir okyanus olayıdır. 

Güney Amerika'lı balıkçılar Doğu Pasifik okyanusunda Ekvator ve Peru kıyıları seyrinde bir sıcak su dalgasının varlığını tecrübe etmişlerdir. Normalde soğuk olarak güneyden kuzeye doğru akan suyun belirli yıllarda (her yedi yılda iki kez) akış yönü değişiyor ve ısınıyordu. Balıkçılar tabi ki bu olayı bilimsel olarak açıklamak istemediler fakat bu olay balıkların beslenmesini etkiliyor o yıl balıkçılar balık avlayamıyorlardı. Bu olay genellikle Noel zamanında yaşanıyordu. Ritüel halini almış bu olaya artık bir isim vermek gerekiyordu ve bu hoşlanmadıkları olaya İspanyolca Küçük İsa anlamına gelen "El Nino" adını verdiler. El Nino'nun tam tersi olan olaya da "küçük kız" anlamına gelen "La Nina" adını verdiler. 

El Nino temelde rüzgarın zayıflaması hatta yönünün değişmesi nedeniyle suyun akış yönünü değiştirmesinden dolayı oluşur. Bu olay neticesinde oluşan basınç değişiklikleri bazen büyük tayfunları oluşturabilir.

Yapılan son araştırmalara göre Cengiz Han'ın torunu Kubilay Han'ın 1274'te ve 1281'de Japonya'yı ele geçirmek üzere gönderdiği filoların karşılaştığı kamikaze tayfunları El Nino salınırmları sonucu oluşmuştur.